水源染是“两虫”疾病大的源，后的救治成本远高于提前预防成本，已成为各国需要防控的公共卫生疾病。我国于2006年颁布的《生活饮用水卫生标准》在微生物学指标中增加了“两虫”的检验，对饮用水“两虫”指标进行监测的重要性可见一斑。“两虫”严重威胁着人们的饮用水，水质监测单位面临着严格的考验。
水体中“两虫”的检测方法多为磁分离法和荧光法。磁分离操作过程繁锁、要求手工操作且操作者需十分细心，仪器使用成本高、维护困难，检测难度较大，一定程度上限制了该检测法的实用性及普及性。荧光法借助的荧光显微镜来区分杂质和两虫。
两虫检测的现状是怎么样的？
一是降低水处理要求，如果水中的隐孢子虫较多，则需要多处理，以达到降低的目的；二是保护公众，因为隐孢子虫可以威胁你的生命。另外，从公众的压力来看，所有消费者都希望饮水安全。后，在疾病爆发后，成本极高，如影响游客，关闭公共服务，要求煮饮，一旦，对供水公司和基础研究的目的有潜在的法律影响。
为确保饮用水安全，实施高质量供水，国家建设部在2005年6月1日正式实施的《城市供水水质标准》（CJ/T206-2005）中，增加了一鞭毛虫和隐孢子虫的微生物指标。要求：加1/10升水。在2006年12月29日发布的《生活饮用水卫生标准》（GB5749-2006）中，国家增加了一鞭毛虫和隐孢子虫的微生物指标。要求：加1/10升水。在实验方法的洗涤/浓缩部分，首先推荐了Envirochek方法（Pall公司），还有其他供选方法。为了完成的检测要求，开展有效的两虫检测工作，建立两虫检测实验室势在必行。我国一些供水企业和研究部门已经开始了这项工作。
水质检测对于人们日常生活的重要性--体现在对于供水管网水质检测的过程中
为确保人们在日常生活中能够安全用水，检测人员应对于水生产、加工、运输过程中的每个环节进行监管、跟踪，确保安全后将水通过供水管道运送到千家万户。这时也并不能保证每个用户所使用水的品质完全符合国家规定标准，生活用水是一种极为特殊的商品，比如生活用水在到达用户家的水被使用之前，是经过很多个供水管道来进行传输，生活用水在进行运送的过程中，在一定程度上会出现二次污染的问题。水的品质不达标存在多种原因，比如供水管道的损坏、管道质量较差或老化、供水设施影响与居民用水从而导致污染发生等等。在生活用水出厂之后，将立即通过供水管道运送出去，在这一过程中存在不可逆性的特点。同时，生活用水作为一种不可退换产品，与其他产品有明显的不同，它能够直接反映出供水管道质量的优劣。由上文得知，要判断生活用水的水质优劣就需要检测人员对于管网的各个部分尤其是末梢部位的水质进行抽样分析。因国家对于饮用水的标准有着极为严格的规定。因此在被选择的采样点中，要着重考虑将一定的点设置在出厂水、供水管道的末梢、供水管网陈旧的部分等水源容易受到污染的地方。根据计算供水人口的密度以及城市地下供水网的分布进行分配采样点，并考虑到各地区的情况不同进行科、合理的调整分配。根据规定，网管的取样分析和监控检测需每周进行至少一次，供水网管的末梢检测则需要每月进行一次，从而达到保证居民日常生活、饮用水的水质安全的结果。
水质检测之摄取水样：在准备进行采取水样之前，事先要准备好盛放水样的容器和检测仪器并保持干净。之后便开始采取水样，在上游和下游分别摄取相同的水源，然后在容器上贴上各自的标签，以便区分。采取水样后要尽快进行检测，以缩小误差，保证检测结果更切合采水处的实际情况。
水样评判的标准水样评判分为地表水评判和地下水评判。
地表水：要求必须检测的有水温、PH值、总磷、高锰酸盐指数、溶解氧、氟化物、挥发酚、石油类、粪大肠菌群、氨氮每月监测一次。非必检项目：硫酸盐、总氮、五日生化需氧量、氯化物、铁、铜、锌、硒、镉、铬(六价)、铅、阴离子表面活性剂、硫化物每年1月、7月各监测一次凡过地表水标准项目每月监测。
地下水：要求必测检测的项目有PH值、总硬度、硫酸盐、氯化物、高锰酸盐指数、氨氮、氟化物和总大肠菌群每月监测一次;选侧项目：挥发酚、铁、锰、铜、锌、阴离子合成洗涤剂、硒、镉、和铅等，每年1月、7月各监测一次凡超过地下水2类标准的项目，每月监测并报告。