设计净化系统组织的原则是相邻二级过滤器的效率不能太接近，也不能相差太大。一般采用初效、中效、亚(或)三级过滤器。也可分四级，增加一级过滤器。洁净室中的温湿度控制。洁净空间的温湿度主要是根据工艺要求来确定，但在满足工艺要求的条件下，应考虑到 人的舒适度感。随着空气洁净度要求的提高，出现了工艺对温湿度的要求也越来越严的趋势。洁净空间的压力要高于非洁净空间的压力。洁净度级别高的空间的压力要高于相邻的洁净度级别低的空间的压力。相通洁净室之间的门要开向洁净度级别高的房间"
设计合理的空间面积应考虑到设备操作、维修的需要。生产区和储存区应有与生产规模相适应的空间面积，用以安置设备、物料，便于操作和维修。我们国家的空气分子控制等的技术正在朝有利的方向发展，这项技术原先是由日本发展起来的，现在已经受到了全世界的关注和认可，在我们国家，这项技术已经受到了相关行业的重视并且投入研发，相信在不久的未来，我们国家的相关科研人员一定会在这个领域取得让人满意的成绩，为我们国家的净化工程行业做出贡献。一般洁净室高度控制在2.60米，对个别较高的设备可在局部加高，而不宜提高洁净区的高度。
洁净厂房工程除了常规电、水、通风外，还有空调设备、净化设备、工艺管道、照明等。在建造开始时，洁净厂房工程地址的挑选应合乎有益生产制造、便捷衣食住行、节约项目投资和运营花费的标准。净室及净化空调系统都达到了了洁净的要求之后，净化空调系统必须要进行试运转。好连续运转12个小时以上，然后再次进行清扫，擦净洁净室后立即安装过滤器。一般生物洁净室：主要控制微生物（细菌）对象的污染。同时其内部材料要能经受各种灭菌剂侵蚀，内部一般保证正压。
洁净外走廊和其他辅助用房采用彩钢板，彩钢板板厚度必须按执行。通过洁净车间技术在净化工程的应用中可以看出，洁净车间净化工程中各级空气洁净度的空气净化处理，均采用了初级效率、中级效率、效率的空气过滤器。净化工程洁净车间技术是一个新兴的科学技术领域，是近些年来，根据企业生产发展和产品竞争力所需要的一门跨学科、跨部门的综合性科技新分支。