现在食品厂常用的消毒模式有传统的化学消毒、紫外线消毒、高温消毒，还有现在我们常见的臭氧发生器消毒以及动态空气消毒机消毒。首先我们都知道车间环境的重要性，有效的消菌可以预防食品发霉和变质，可以提高食品安全的水平。动态空气消毒机是一款可以在有人工作的时候给车间进行不间断消毒的一台消毒机。采用NICOLER杀菌腔进行杀菌消毒，车间工人上班时打开消毒机便可将车间内的含有细菌的空气吸入到机器内，通过高压电荷瞬间释放的能量可以击穿微生物的细胞壁并灭杀细菌。
包装容器的杀菌清洗也至关重要。特别是玻璃瓶，往往是回收的，其内壁残存蛋白饮料，细菌无法计算。必须用65℃、2%水浸泡冲洗5～10分钟，或用5%常温水浸泡20分钟以上。总之，必须任何细菌可能进入饮料的通道，方能制得合格产品。有人认为，反正后要进行高温杀菌，生产过程中可以马虎一些。须知：饮料在生产过程中细菌已无法计数了，高温杀菌也不可能做到无菌，这样饮料保存一段时间后细菌超标就不可避免了。
过滤灭菌:以物理的方法除去介质中的微生物。常将空气或液体中的微生物及杂质用不同材料制成的薄膜滤器过滤得到无菌、无杂质的空气或液体。滤过病毒的滤膜孔径为25 ～100nm；滤过细菌的滤膜孔径为0.22～0.45μm。紫外线灭菌：紫外线辐射的穿透力很弱，因此主要用于无菌室、某些工作区的空气灭菌、物体表面灭菌。实践工作中在食品厂净化车间安装紫外灯，一般仅起空气中部分微生物的作用，而不能起到完全灭菌的作用。