水力负荷这是重要的一条，需要循序渐进。水力负荷太低，会导致大量分散污泥过度生长，从而影响污泥的沉降性能，甚至会导致污泥膨胀。但水力负荷过大，会对颗粒污泥造成剪切并会剥落未聚集细胞体的胞外多糖粘滞层而阻碍粘附聚集。因此，在启动初期，应采用较小的水力负荷(0。05-0。1m³/㎡•h)使絮体污泥能够相互粘结，向集团化生长，有利于形成颗粒污泥的初生体。
毒性物质流入厌氧污泥相比与好氧活性污泥，更容易受到毒性物质的抑制。和上述两点所阐明的一样，事实上更容易受到毒性物质抑制的也是厌氧污泥中的产甲1烷菌而非水解酸化菌。当废水中含有某种或多种毒性物质，其浓度还不足以严重抑制厌氧污泥中的水解酸化菌时，产甲1烷菌就已经受到抑制，污泥酸化现象就随之发生。因此，应对污染源可能存在的毒性抑制物进行排查。
但是一切都是有一定成本，颗粒污泥亦是如此，它多层结构与处理实际效果，针对塑造、经营提出了更高的需求，那我们都应该留意哪些问题呢？文中先从一些颗粒污泥方法的基本阶段下手，深度解读叫环保人爱恨交加的颗粒污泥。总的来说，厌氧发酵颗粒污泥实质上是多种多样微生物的嵌段聚合，主要是由各种产酸细菌和产甲1烷细菌构成，产酸细菌在颗粒物外界，产甲1烷细菌在颗粒污泥内部结构。