将32 P标记的双链DNA探针于100℃加热5分钟，迅速置于冰浴中。单链探针不必变性。将探针加到杂交袋中杂交过夜。杂交期间，盛滤膜的容器应盖严，以防液体蒸发。
杂交结束后，去除杂交液，立即于室温把滤膜放入大体积（300-500ml）的2×SSC和0.1% SDS溶液中，轻轻振摇5分钟，并将滤膜至少翻转一次。重复洗 一次，同时应避免膜干涸。
68℃用300-500ml 1×SSC和0.1% SDS溶液洗膜两次，每次1-1.5小时。此时已可进行自显影。如背景很高或实验要求严格的洗膜条件，可用300-500ml 0.2×SSC和0.1% SDS的溶液于68℃将滤膜浸泡60分钟。
原位杂交技术还在以下生物领域有应用：
细胞化学和学：原位杂交技术可以用于研究细胞内特定化学物质的定位和分布，例如检测细胞内酶、、神经递质等物质的分布和定位。此外，还可以应用于学研究，例如检测细胞、分子的分布和定位等。
神经科学：在神经科学领域，原位杂交技术常被用于研究神经元的生长、发育和连接等过程。例如，通过标记特定基因的探针，可以检测神经元中特定基因的表达和定位，进而研究其在神经信号传递、神经环路形成等方面的作用。
荧光原位杂交（Fluorescence In Situ Hybridization，FISH）是在性原位杂交技术基础上发展起来的一种非性分子生物学和细胞遗传学结合的新技术，是以荧光标记取代同位素标记而形成的一种新的原位杂交方法。
FISH技术具有许多优点，如非性、高特异性、高灵敏度、快速简便、可多重染色等。这些特点使得FISH技术在细胞生物学和临床医学领域得到了广泛应用，例如用于研究基因表达、基因组变异和染色体异常等。