洁净厂房的施工应按设计文件、合约的内容实施。当修改设计时，应经原设计单位的确认、签证，并得到建设单位的同意。建筑平面设置应该属建筑的范畴，但由于食品/饮料无菌洁净车间要求人、物分流，并要保持各洁净操作间的静压梯度因此，该工程中建筑平面要求具备以下几点： 1、各净化操作间集中设置独立前室为气闸，气闸室与各操作间同时相通，确保低洁净区的空气不向高洁净区渗透。
颜色艳丽，防静电性能恒久不变，可承受中等以荷，耐高温。在满足使用的基础上，可以起到装饰的作用，耐磨、耐洗刷、防尘、防滑、性能优良，颜色和光泽均匀一致。食品/饮料无菌洁净车间能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。食品/饮料无菌洁净车间的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成。房间过大，清扫和消毒不便；过小，操作不便；顶部过高会影响紫外线的有效灭菌效果。墙壁应光滑无死角，
洁净车间应具有良好的自然条件。如通风、日照条件良好,空气清新,地势高燥,排水方便,自然地面坡度不宜过大。对丘陵地区,宜用山坡地、土质坚实。尽可能的远离可能或潜在的污染源,不建在水库下游和防洪堤坝附近。让生产操作可以符合规定标准，另外净化车间的工程施工方式很简单，不需要复杂的操作流程就可以达到安装使用目的，所以车间的实际应用效果很好，也可以为生产工作的开展提供很多便利条件。除了限定生物粒子（细菌数）外，对空气中尘埃粒子的含量和大小也提出了明确的限定。