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病菌可通过中耕、浇水、农事操作等近距离传播，病残体遇高湿的条件也可长出孢子借气流或风雨传播，从而进行侵染。棉花枯萎病菌的远距离传播，主要是借助于附着在棉花种子上的病菌和带菌的棉籽饼。
棉花枯萎病是典型积年流行病。病害的发生与消长受气候条件、耕作制度、栽培管理及土壤中线虫等因素影响。 [3] 气候条件温度和湿度是影响枯萎病发展的主要因素。通常当土壤温度达20℃左右时，田间棉苗开始发病，其后随着土温的升高，病情逐趋加重，当达25-30℃时，形成发病高峰。夏季当土温升高到33-35℃时，病害停止发展，秋季随着温度的下降，田间可岀现第二次发病高峰。
病菌为半知菌亚门、丝孢纲、丛梗孢目、镰刀菌属的黄瓜尖镰孢菌。菌丝白色，棉絮状，有隔膜和分枝，培养基底部呈浅紫红色，或淡黄色。小型分生孢子无色，长椭圆形，单胞或偶有1个分隔，量多；大型分生孢子无色，镰刀形或纺缍形，1-5个分隔，多数3个分隔，顶端细胞长且尖，足胞不明显，量少。厚垣孢子淡黄色，圆形。尖镰孢菌除危害黄瓜的专化型外，尚有危害西瓜、甜瓜、丝瓜的三个专化型。局部地区还有镰孢菌危害黄瓜。
依据代谢物质的有无或多少来显示病原菌侵染植物的过程。荧光蛋白标记病原菌结合激光共聚焦扫描显微镜观察可以揭示在亲和与非亲和状况下病原菌侵染过程的组织学和细胞学特征，可以比较病原菌侵染不同抗性种质的差异或不同小种侵染同一种质的差异。但是尚不清楚孢子如何地粘附到植物表面，是被物理的或化学的信号刺激，还是孢子与植物表面存在着非常专化的相互作用，有待进一步的研究。
