产地不同：普通鸭蛋大部分都是在内陆小湖小泊中人工养殖的鸭子产的蛋，海鸭蛋是由海边城市天然放养的海鸭所产的蛋。
喂食饲料不同：普通鸭蛋一般以人工饲料或者湖中的淡水鱼为食，为了保证其质量以及产蛋的数量，一般主要还是人工饲料为主，而海鸭蛋是由海边城市天然放养的海鸭所产的蛋，其主要以海中的小鱼、小虾、小螺以及小蟹为食，无添加，这种海鸭十分肥美。
营养价值不同：食用海鸭蛋对人体多么有益，关键是其营养不仅丰富，但是其胆固醇含量还只是鸡蛋的50%，而普通鸭蛋营养价值就比海鸭蛋营养价值就逊色很多。
如何选购咸鸭蛋？
看：就是看咸鸭蛋的外观。品质好的咸鸭蛋外壳干净，光滑圆润，不应该有裂缝，蛋壳呈青色。质量较差的咸鸭蛋外壳灰暗，有白色或黑色的斑点。后一种咸鸭蛋容易碰碎，保质期也相对较短。
摇：就是轻摇蛋体。将咸鸭蛋拿到手中，轻轻摇动，质量好的咸鸭蛋应该有轻微的颤动感觉，如果感觉不对并带有异响，说明鸭蛋已经变质了。
剥：就是将咸鸭蛋煮熟后剥开蛋壳，质量的咸鸭蛋黄白分明，蛋白洁白凝练，咸味适中，油多味美；而质量差的咸鸭蛋蛋白较烂、腐腻、咸味较大，这样的蛋尽量不要食用。
鸭蛋的外观都是一样的，我们很难通过外表区分出来。海鸭蛋和普通鸭蛋较大的区别就是蛋黄的颜色，海鸭蛋的蛋黄颜色要更深一点。一些商家抓住了这个特点，会给鸭子喂养色素等添加剂，这样鸭子生出来的鸭蛋蛋黄颜色就更深一些，然后通过这种方式冒充海鸭蛋混入市场谋取暴利。
其实咸鸭蛋蛋黄里的“油”是蛋中原本就有的。不过海鸭蛋还是一颗小鲜蛋的时候，蛋白质与脂肪能均匀地混合成乳状液，油脂被分散成很小的油滴，并且每个小油滴外面还被蛋白质和水膜包裹着，被密闭在水膜内的油脂就跟隐身了一样，我们的肉眼看不出来。
咸鸭蛋的食用历史悠久，早在南北朝时的《齐民要术》中就有记述：“浸鸭子一月，煮而食之，酒食具用。”说的就是咸鸭蛋。很多地方都有腌制咸鸭蛋的习俗，在当涂有名的咸鸭蛋就是石臼湖红心咸鸭蛋。石臼湖水域宽广，无公害，无污染源，夏涨冬落，贯注长江，水质明净清澈，微甜呈中性；湖里的水草丰美，鱼、虾、螺、蚯蚓众多……当地自由放养的湖阳麻鸭，以此天然水生物为食，得其养份精华，故蛋心自然鲜红，含有丰富的蛋白质及人体所需的多种微量元素。