鉴于微耕机工作环境恶劣，维护保养显得尤为重要。微耕机在工作时，各部件相互摩擦振动，油污、泥浆和水侵入，不可避免地会引起部件磨损，连接松动，腐蚀老化。由此造成微耕机技术状况恶化，功率下降，耗油增加，磨损加速，故障频发。为预防上述情况的发生，必须严格实行“防重于治，养重于修”的维修制度。
维修必须严格按照维修周期和维修内容进行。如：发动机齿轮箱内油耗高，润滑困难；发动机散热片通气孔全部堵塞，散热效果差；缸套、活塞磨损严重，动力不足等
起动前，应检查旋耕机各机件、螺丝、销钉是否有松动损坏，及时调整更换；检查动力源、变速器的齿轮油是否符合标准，应及时添加；对需要润滑的部位加点润滑油；对离合线、油门线进行试验调整，以达到安全合理的范围。尽可能做到一停一检，因为每次机器运转时，机器零件都会发生变化，做到防患于未然，也会让机器使用时间延长。
调整微耕机翻耕土壤，首先要看土壤质量如何，这是基本条件。由于土壤不同，微耕机的旋耕深度也不同。一般说来，黑土层，他土质松散，可以进行适当的深翻，这就需要用限深杆来调整旋耕，使他尽可能的深翻。
而黄土、粘土就应浅一些旋耕，这种土板结较重，土质很硬，一般建议每年逐步加深，这类土要换装厂家的硬土粘土刀，初耕时尽量在20厘米左右的深度，尽量不要过深。