PDMS材料在性能上也有- -些缺陷:表面疏水，缓冲液很难注入，表面吸附作用强，需进行表面改性和修饰才能进行应用;导热性差，导热系数比玻璃低8-10倍，不利于焦耳热的散失，限制了单位长度上的场强;PDMS材料的弹塑性定了它的微结构不像其他刚性材料的结构那样的稳定。由于PDMS材料具有高度疏水性，对生物分子特别是大分子蛋白具有强烈的非特异性吸附。在样品分离时，由于吸附作用容易产生严重的拖尾、蛋白质分离失败、失活的现象，严重限制了PDMS在微流控芯片领域的应用。
在化学里，疏水性指的是一个分子（疏水物）与水互相排斥的物理性质。举例来说，疏水性分子包含有烷烃、油、脂肪和多数含有油脂的物质。
疏水性通常也可以称为亲脂性，但这两个词并不全然是同义的。即使大多数的疏水物通常也是亲脂性的，但还是有例外，如硅橡胶和碳氟化合物（Fluorocarbon）。
性质理论根据热力学的理论，物质会寻求存在于能量的状态，而氢键便是个可以减少化学能的办法。水是极性物质，并因此可以在内部形成氢键，这使得它有许多独别的性质。但是，因为疏水物不是电子极化性的，它们无法形成氢键，所以水会对疏水物产生排斥，而使水本身可以互相形成氢键。
这即是导致疏水作用（这名称并不正确，因为能量作用是来自亲水性的分子）的疏水效应，因此两个不相溶的相态（亲水性对疏水性）将会变化成使其界面的面积时的状态。此一效应可以在相分离的现象中被观察到。
亲水材料
1、亲水绵
亲水绵材料是一种安全环保材料，它手感柔软且具有良好的支撑效果、高度透气、良好的吸湿防潮性及低温不变硬的优越特性。
2、亲水性纤维
亲水性纤维是指具有吸收液相水分和气相水分性质的纤维。所谓纤维的亲水性，一般是指纤维吸收水分的能力。人体皮肤表面分泌的水分有两种形式，即气态的湿气和液态的汗水，因此，习惯上将亲水性纤维按机理分为吸湿性纤维和吸水性纤维两种。
纤维对气态水分的吸收能力，称为吸湿性，纤维吸湿性主要取决于纤维的化学结构，即纤维大分子链上亲水性基团的极性和数目，可以用吸湿率来表示，具有这一能力的合成纤维称为吸湿性合成纤维。
纤维对液相水分的吸收能力，称为吸水性，对于合成纤维来说，吸水性的强弱主要取决于纤维的物理结构、构成纤维的表面和内层有没有能通导的微孔结构存在，具有这一能力的合成纤维称为吸水性合成纤维，一般用保水率来表示。
亲水性和疏水性主要是看该物质所携带的化学基团.
比如说氨基酸：
氨基酸的亲疏水性是指氨基酸的化学特性,主要由其侧链基团决定.
看亲水基团所占的体积多少,多的亲水性就强,反之,疏水性也一样.
亲水的：羧基、磺酸基、硫酸基、磷酸基、氨基、季铵基、含氧基团、醚基、羟基
其余的基本等都是疏水基团.
而亲水性和疏水性的区别主要是和水的亲和性,以及在化学反应中物质反应的难易程度以及反应基团的定位.