沉降速度:厌氧颗粒污泥的沉降速度应保持在50~150m/h之间；若沉降速度过快，说明污泥中的厌氧细菌比较少，钙等无机成分比较多；沉降速度过慢，在上升流速较高或者受冲击时，容易造成污泥流失。沉降速度计算方法：在200ml的量筒中装满清水，测量液面高度为h,然后将少量的厌氧颗粒放在水面，记录污泥从液面沉降到筒底的平均时间为S，h/S即可得到沉降速度。
当出现一定量的污泥后，提高水力负荷至0。25m³/㎡•h以上，可以冲走部分絮体污泥，使密度较大的颗粒污泥沉降到反应器底部，形成颗粒污泥层。为了尽快实现污泥颗粒化，把水力负荷提高到0。6m³/㎡•h时，可以冲走大部分的絮体污泥。但是，提高水力负荷不能过快，否则大量絮体污泥的过早淘汰会导致污泥负荷过高，影响反应器的稳定运行。
凡是对厌氧生化反应器有运行经验的人都知道，污泥发生酸化后，会对反应器的运行效率带来严重的不良影响，如果不及时采取适当的调整措施，任由污泥继续酸化，甚至可能导致厌氧污泥产甲1烷能力的完全丧失，从而导致反应器失效的严重后果。所以，防止厌氧反应器出现污泥酸化对于厌氧生化系统的运行人员来说是一个非常重要的任务。
毒性物质流入厌氧污泥相比与好氧活性污泥，更容易受到毒性物质的抑制。和上述两点所阐明的一样，事实上更容易受到毒性物质抑制的也是厌氧污泥中的产甲1烷菌而非水解酸化菌。当废水中含有某种或多种毒性物质，其浓度还不足以严重抑制厌氧污泥中的水解酸化菌时，产甲1烷菌就已经受到抑制，污泥酸化现象就随之发生。因此，应对污染源可能存在的毒性抑制物进行排查。