这一阶段应严格控制挖土的程序和深度，注意要均匀挖土，对于结构体大的井体，根据需要，必须安排多个作业面，同时对称均匀挖土。实际上在挖土下沉时不可能是竖直均匀下沉，每沉一次，难免有些倾斜，继续挖土时，可在井体倾斜的反方向一边增大挖土量。当下沉到后阶段时，由于沉井井体很大部分进入土中，受土体侧向约束作用，摩阻力增大，沉井将会出现下沉困难，而倾斜的可能性就很小了。沉井穿过含水层，应尽量采取排水法挖土下沉。这种方式劳动条件好，挖土正确，轻易把持和纠偏，土层中如有障碍物易被发明和消除，沉井沉到设计标高后，能直接检讨地基土壤，还可进行干封底。
下沉通过粘土胶结层或沉井自身重力偏轻下沉困难时，可采用井外高压射水、降低井内水位等方法下沉。在结构受力容许的条件下，亦可采用压重或接高沉井下沉。对土质软硬不均的土层，应先挖硬的一侧，后挖软的一侧；对流砂层只挖中间不挖四周；对坚硬土层，可按撤除垫木先后顺序分段掏空刃脚，并随即回填砂砾，待几段(即定位承垫木处)掏空并回填后，再分层逐步挖去回填填料，使均匀下沉。导管不能进水。混凝土面的终灌注高度，应比设计值高出150mm以上，待混凝土达到设计要求后，再抽水，凿除表面松弱层。
沉井下沉是沉井施工中一道非常重要的工序，在挖土下沉过程中若控制不好，就会出现质量问题，所以在下沉过程中必须采取严格的质量控制措施，并对常遇到的问题进行原因分析，总结出相应的处理方法。沉井虽然具有这些优点，一旦在施工过程中稍有不慎或质量控制不好，都将会出现一系列质量问题，纠偏起来难度相当大，成本相当高，给工程的正常使用带来很大的影响。在开始阶段，要经常检查沉井的平面位置，在纵横方向都应作好标记，随时注意防止较大的倾斜。在中间阶段，可能会出现下沉困难的现象，但在上节井体接高后，下沉又会变得明显，且仍可能出现偏斜事故。