潮州地处带，三面环山，一面临海，境内河海交汇，雨水多、台风多，洪患多，建筑物须立足于实用、牢固上。又因潮州森林资源不丰，故建筑材料以石材、泥沙、贝灰为主，《周志》称“民居辄用蜃灰和沙土筑墙，地也如之，坚如金石。即遇飓风推扑、列火焚馀，而墙垣卓立无崩塌者”贝灰沙的广泛应用，是潮州民居建筑的一大特色。整套制作工艺完成后，仍然要使灰塑雕塑保持两天合适的湿度，以使得颜料被雕塑完全吸收。 潮州民居屋顶多采用硬山式，
旨在呈现色彩丰富和立体感强的灰塑雕塑。此道工艺必须在完成上一步骤（上色灰）后的同一天进行，因为要保持灰塑雕塑本身的适当湿度，让其充分吸收各种色彩的颜料。
当时，各行各业人士都拿出自己的东西捐给祖庙，禅城当时手工出名的石湾瓦也被放在了祖庙的屋脊上。 上个世纪70年代初，灵应祠大堂后面庆真楼的砖木结构改成了混泥土结构。据当时参加了修缮工作的梁诗裕先生说，当时动用了100多人共花了一年多时间才完成修缮工作。 上个世纪70年代还没有设立禅城博物馆，祖庙旁边是关帝庙、妈祖庙等，后来才把它们拆了修建禅城博物馆，因此用博物馆的概念来评价祖庙是不准确的。1998年，庆真楼变成危房，加固后又重新使用。为满足海内外华人的愿望，纪念馆已经整理出的《黄飞鸿大事年表》。
所谓通透，是指建筑从整体上注意透风，既有利于建筑材料去潮防朽、延长寿命。更着眼于地处带地区的潮州长夏无冬的自然气候条件下，使居住活动舒适凉快。潮州民居注重整体环境设计达到室内降温效应，形成一个适宜人居的冬暖夏凉的建筑环境。为使空气流通，采用前低后高，巷里对直以兜风入室，此所谓之“露白”，加强了室内的穿堂风和足够的日照。在民居向大型化组合发展的情况下，横纵之间以火巷、屏风、槅扇等相隔，既通风、又防火、便交通、达到形式上的分隔。就是照壁、砌砖窗花、厅堂、门口采用的门罩、拦干门、闪门、博古等空间分隔构件，都以不同材料做成通雕，以利空气对流，达到分而不隔，更使石雕木雕等传统工艺有用武之地。木结构多采用彻上露明造，让所有之建筑构件通风透气，木材尽量外露以防白蚁、防腐朽，庭院内多为敞厅，门窗多朝天井，一般人的天井都设有花圃、水池、花木、莲缸、四季常青、静谧幽雅、更有利于调节室内温度。这些都淋漓尽致地体现了潮州民居的通透特点。无怪乎，一些前来参观的外国朋友将祖庙誉为“东方民间艺术之宫”。