化肥的大量投资也导致了有机肥的挤出，使土壤有机质水平达到了令人担忧的水平。有机质代表土壤肥力，与粮食产量呈正相关。由于有机肥投入少、有机质减少，另一个新问题是肥料的收益递减效应。根据数据，1975年，一公斤化肥生产了25公斤谷物。到2008年，这个数字下降到了8到9公斤。石油和棉花的情况也是如此，它们每公斤化肥的产量下降了大约50%。
现在常见的枯草芽孢简单表示,其功能、类别众多,枯草芽孢单上有成百上千的来源肥料、饲料、、效果,我们必须使用孤立的从土壤中肥料生产的菌株代理他们脂肪枯草芽孢应用到土壤,对作物的影响差别非常大,这就是为什么一些细菌,效果不明显,这就是花粉枯草芽孢的生长过程中nystatin, gramicidin, hay rhzomorph, polymyxin，这些杀菌剂肥料的活性物质对内源染或机会原体具有良好的抑制作用。它可以与多种菌株混合，在农业生产中起着重要作用。
生物有机肥符合安全生产原则和无公害绿色农产品的要求。在生物有机肥施用过程中，掌握正确的施用方法，可取得较好的效果。如何提高生物有机肥的效率，应用生物有机肥，主要从以下几个方面。
一是生物有机肥施用土壤不深
由于生物有机肥的活性取决于其分解有机物的活性，其活性必须在一定的温度、湿度、渗透性、有机物质的条件下才能实现。过深的施用会影响生物肥料的活性。
其次，生物有机肥的施用不能与单一肥料混用
单一肥料因其成分单一，酸碱程度不同，大量施用会影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥单独施用。
第三，生物有机肥的穴播应用更为重要，尤其是蔬菜的种类、留茬现象是不可避免的
即使施一些生物肥料和微量肥料，由于温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根部较弱，很难起到快速的作用。生物有机肥孔施能迅速促进土壤活性，提高土壤渗透性，促进根系快速生长发育。另一方面，可以缓解有机肥不分解和化肥不分解导致养分形成空缺，及时提供根系养分，为根系提供良好的生长环境，促进根系质量的早期形成。
花生生产中应重视草木灰的施用，如土壤缺钾，可用草木灰作基肥，或苗期追施，每公顷750千克。苗肥应深施覆土。在酸性土地区种植花生时应补施钙肥，每公顷施250～350千克熟石灰粉，深施在结果层中。结果层中的钙能被果针和荚果直接吸收，用于荚果的形成，因为根吸收的钙进到植株体内之后大部分向茎叶中分配，分配到荚果中的钙数量很少。