目前微反应器在化工工艺过程的研究与开发中已经得到广泛的应用，商业化生产中的应用正日益增多。其主要应用领域包括有机合成过程，微米和纳米材料的制备和日用化学品的生产。在化工生产中，新的Miprowa技术已经可以实现每小时上万升的流量。
微反应器的微结构大的缺点是固体物料无法通过微通道，如果反应中有大量固体产生，微通道极易堵塞，导致生产无法连续进行。
目前这一问题主要是通过改进反应器的设计来解决。例如拜耳-埃尔费尔德微技术公司开发的阀式混合器（反应器）可以用于快速沉淀反应，基于这一技术，拜耳公司成功开发了商业化生产工艺，用于生产高的性能的微米材料和纳米材料。
微通道反应器应用已成趋势
微通道反应器气-液-固浆状流，选择性加氢：高转化率，选择性好，二肽合成选择萃取和连续反应耦合提高产品收率，光化学合成反应（氯化等）：易于控制，提高收率。微通道反应器简化传统的磺化反应：采用工业硫酸，无需SO3也能达到高收率，易于控制，提高下游产品纯度，50°C的反应在0°C完成不影响收率，-20°C的反应能在常温下实现，工艺稳定，收率提高。
微通道反应器具有特别的通道结构，显著提高流体混合程度，增强传质性能，提高总传热效率，适用于多种低温、高温、高危、非均相等化学反应。微通道反应器可采用各种金属材质及碳化硅材质加工制造，金属材质可耐压至10MPa。
微通道反应器减少溶剂用量，提高收率，更安全环保，安全，可以在线生产，大大改善过氧化物物流过程和成本，气-液两相（纯氧）氧化反应：微通道反应器操作安全，传质效率较高，选择性好，溶剂用量少，酯化和水解反应稳定，收率好。