洁净厂房建筑方式可分为土建结构和装配式两种，其中普遍采用装配式。装配式洁净厂房系统主要由初，中，高三级空气过滤的空调送风回风和 排风系统；动力及照明系统；工作环境参数的监测报警消防和通讯系统；物流系统；工艺管路系统；维护结构及静电地面处理等各方面所要求的实施内容组成，形成空调净化系统工程所包含的整个设备和器材的配套和建筑安装内容。
洁净厂房施工过程中应采取以下措施
（1）对关键部位宜进行样板制施工，待业主和监理工程师认可后大规模施工。
（2）管道、设备等安装及调试应在建筑装饰装修工程施工前完成，当不能提前时，应在饰面等施工前完成。
（3）应及时填写施工检查记录和施工验收记录以及其他应予填报的记录，做到文件与工程同步。
（4）对于特殊制作工序，必须制定特殊工序规定，施工人员应熟练掌握特殊工序的规定。
（5）对环境有要求的施工工序，应确保环境要求后，方可施工。
洁净厂房的施工应按设计文件、合约的内容实施。
洁净厂房施工前应根据具体工程项目的特点，制订施工方案和程序，做到各工种协调施工、阶段明确、交接清楚。
洁净工程施工 成品保护措施
（1）统一全场成品保护和警示标志。
（2）设备材料应有防雨雪、防晒的措施，避免设备材料锈腐老化。
（3）对于空气过滤器等重要器材与设备，应设置专门区域保管。